Neutzsky-Wulff genoptog romanproduktionen med Faust (1989), som i struktur og handling minder en del om Den 33. marts . Den moderne Faust-skikkelse er ikke en teolog, men en psykoanalytiker der forsager sit fag.
En række tendenser kendetegner det senere forfatterskab. Romanerne bliver op til tusind sider lange, og den traditionelle romanform opløses med et væld af indskudte fortællinger og egentligt faglitterære passager. Et præg af belæring gør det vanskeligt at læse bøgerne blot som skønlitteratur, men fordrer en interesse i Neutzsky-Wulffs verdensbillede. Sidst, men ikke mindst bliver forfatteren selv allestedsnærværende i sin tekst, som en homerisk guddom der i tide og utide nedstiger blandt sine skabninger.
2000 (1991) er en science fiction-Dekameron hvor en isoleret gruppe fortæller hinanden historier mens civilisationen bryder sammen og en ny menneskeslægt fødes. Verden (1994) skildrer et forsøg på at fjerne Kristus fra historien. Døden (1996) skiller sig ud ved at have et aktuelt politisk tema, højredrejningen i 90’erne. Romanen fik en vis opmærksomhed, ikke mindst takket være det provokerende tidsskrift Faklen , redigeret af Rune Engelbreth Larsen, som i 1994 havde skrevet bogen Forsvar for verden om forfatterskabet. UFO (1999) peger tilbage på 70’ernes science fiction-romaner ved at være en afdækning af det okkult/mytologiske grundlag for ufo-fænomenet.
23752387
Imellem romanerne fandt Neutzsky-Wulff tid til at nyoversætter Første Mosebog som For længe siden (2000), en spøjs udgivelse der må betegnes som en prædiken for de omvendte. Hovedværket Rum (2001) bliver omtalt selvstændigt nedenfor. Abattoir (2003) er mindre krævende end de øvrige romaner fra perioden, en slags arvtager til Adam Hart -bøgerne.
En moderne grimoire
”Grimoire” betyder en trolddomsbog, og Neutzsky-Wulffs ambition er på mange måder at skabe en moderne grimoire. Romanen Rum (2001) og fagbogen Det overnaturlige (2004) er nærmest et dobbeltværk, hvor forfatteren forsøger at opfylde denne ambition fra to forskellige vinkler.
Rum er i stort format, illustreret af Jørgen Bitsch i bevidst ”dårlig smag”. Handlingen tager udgangspunkt i forskellige, afgrænsede rum: En pige der sælger sig selv som sexslave, en mand i en bunker efter en atomkrig, en ekspedition til en fremmed planet, en undersøger i et spøgelseshus, og en digter der er ufrivillig inspirationskilde for en massemorder. Disse rum kan fortolkes ud fra hinanden: De er bøger som manden i bunkeren læser, visioner som slavepigen oplever, etc. – og Neutzsky-Wulff og hans hustru dukker også op i historien. Senere blander personerne sig i hinandens rum. Der er ingen endegyldig virkelighed, kun de rum vi skaber, og den tilsyneladende inkonsekvente handling skal påvirke læseren til denne ”magiske” tankegang. Det er en uudgrundelig bog.
Det overnaturlige er ment som en afløser for Okkultime og Magi , og er på sin vis både mere og mindre eksakt end dem. Der er mindre udenomssnak og kun nødtørftige illustrationer, men progressionen er vanskelig, og det forudsættes nærmest at læseren for hvert kapitel studerer de kildeskrifter der refereres til. Bogen beskriver mysterieindvielsen – en radikalt forpligtende praksis der for kvinders vedkommende omfatter seksuelt slaveri (jf. Rum ), for mændenes en slags kastraktion. Der er gennemgange af kabbala, gralsmystik, gnosticisme, folkeeventyr, Mozarts Tryllefløjte og Wagner.
Neutzsky-Wulffs bøger er som en fremmed religions hellige skrifter, og omtalen bliver nemt derefter: enten helt distanceret eller fuldstændig overgiven. Der er da også tale om et forfatterskab der klart har delt læsere og kritikere i to lejre.